Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:

• alphabet : MSAReader
• chainIntervals : MultimerHandler
• chainsCount : MultimerHandler
• checkValidation : MSAReader
• file : MSAReader, MSAWriter
• fileName : MSAWriter
• flags : FlagHandler
• format : MSAWriter
• id : Sequence
• IDspace : MSAWriter
• numbers : MultimerHandler
• omitGaps : MSAReader
• remarks : Sequence
• required : FlagInfo
• sequence : Sequence
• Sequences : MSAReader, MSAWriter
• stoichiom : MultimerHandler
• value : FlagInfo