Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- a -

• Alphabet : common.h
• AsStandard : common.h

- c -

• char2num() : neff.cpp
• checkFlags() : neff.cpp
• computeNeff() : neff.cpp
• computeResidueNEFF() : neff.cpp
• computeWeights() : neff.cpp
• ConsiderGap : common.h
• ConsiderGapInCutoff : common.h
• convert() : converter.cpp

- d -

• DNA : common.h
• docstr : converter.cpp, neff.cpp

- f -

• FASTA_FORMATS : common.h
• Flags : converter.cpp, neff.cpp

- g -

• GAP : common.h
• getAllowedLetters() : common.cpp, common.h
• getAlphabet() : converter.cpp, neff.cpp
• getFormat() : common.cpp, common.h
• getNonGapEndPosition() : neff.cpp
• getNonGapStartPosition() : neff.cpp
• getNonStandardLetters() : common.cpp, common.h
• getNonStandardOption() : neff.cpp
• getNormalization() : neff.cpp
• getPositions() : neff.cpp
• getStandardLetters() : common.cpp, common.h

- i -

• integrateUniqueSequences() : neff.cpp

- k -

• keepNonGapPositionsOfQuerySequence() : common.cpp, common.h

- l -

• L : common.h

- m -

• main() : converter.cpp, neff.cpp

- n -

• NON_STANDARD_AMINO_ACIDS : common.h
• NON_STANDARD_NUCLEOTIDES : common.h
• None : common.h
• NonStandardHandler : common.h
• Normalization : common.h

- p -

• processSequences() : neff.cpp
• protein : common.h

- r -

• removeGappyPositions() : neff.cpp
• RNA : common.h

- s -

• setDepth() : neff.cpp
• Sqrt_L : common.h
• STANDARD_AMINO_ACIDS : common.h
• STANDARD_DNA_NUCLEOTIDES : common.h
• STANDARD_RNA_NUCLEOTIDES : common.h

- v -

• VALID_FORMATS : common.h