Here is a list of all functions with links to the files they belong to:

• char2num() : neff.cpp
• checkFlags() : neff.cpp
• computeNeff() : neff.cpp
• computeResidueNEFF() : neff.cpp
• computeWeights() : neff.cpp
• convert() : converter.cpp
• getAllowedLetters() : common.cpp, common.h
• getAlphabet() : converter.cpp, neff.cpp
• getFormat() : common.cpp, common.h
• getNonGapEndPosition() : neff.cpp
• getNonGapStartPosition() : neff.cpp
• getNonStandardLetters() : common.cpp, common.h
• getNonStandardOption() : neff.cpp
• getNormalization() : neff.cpp
• getPositions() : neff.cpp
• getStandardLetters() : common.cpp, common.h
• integrateUniqueSequences() : neff.cpp
• keepNonGapPositionsOfQuerySequence() : common.cpp, common.h
• main() : converter.cpp, neff.cpp
• processSequences() : neff.cpp
• removeGappyPositions() : neff.cpp
• setDepth() : neff.cpp